L'orgue de Verdun-sur-Garonne est un témoin de ce qui se construisait dans les campagnes françaises au XVIIIe siècle. L’histoire de l’orgue de l’église Saint-Michel de Verdun-sur-Garonne commence au XVIIe siècle. Mention est faite de la réparation d’un orgue en 1696. En 1767, le facteur Jean-François Lépine, assisté de François Bédos de Celles, reconstruit l’instrument en reprenant des éléments antérieurs dont la partie centrale du buffet et la montre. Il ajoute à cette occasion deux plates-faces et deux tourelles latérales, un positif intérieur ainsi qu’un pédalier. L’orgue arrive dans cet état, quoiqu’un peu fatigué, jusqu’en 1848, date à laquelle le facteur Jungk de Toulouse répare l’instrument, remplaçant le clavier d’écho par un petit récit expressif, modifiant la composition du positif par la suppression des jeux de tierce et de larigot au profit d’un salicional et d’un euphone (jeu à anche libre). Il refait aussi les claviers, la mécanique, la soufflerie et dote la pédale de trois jeux : une flûte 16’, une trompette et une bombarde. Grâce à une restauration minutieuse due au facteur Alain Leclère en 1985, l’orgue de Verdun-sur-Garonne a retrouvé sa composition et ses sonorités d’origine.
En 1999-2000, Patrice Bellet effectue des réparations.